Sunday, July 14, 2013

Flickrでの写真管理続き

やっとiPhotoの画像と動画が上げ終わった。
イベントごとにちまちま上げていたら約一週間もかかった。長かったな…。

容量は前に使っていたものも含めて4,750枚で8.2GBくらい。 まだ1%にも達していない…。
これはまだまだ写真が撮り足りないということか…
まあ、子供の写真がこれから増えていくのは止められないだろうし

Thursday, July 11, 2013

Flickrでの写真管理

最近(5月あたり)になって、Flickrが大幅リニューアルしたらしい。 昔FlickrとPicasa webで悩んでいたとき、200枚までのフォトストリームが気になってPicasa webを使う事にしていた。
しかし、リニューアル後のストレージ容量は1TB。さらに月ごとのアップロード制限なし。すごいね。
さっそくiPhotoの中にある写真共をイベント単位でFlickrにアップロードすることにした。 これで外付けHDDが逝ってしまってもオリジナルサイズの写真は残る。

基本のスタンスとして、あくまでバックアップ目的のため、身内が写っているものはprivate、風景等はpublicとしている。
例外として、結婚式の写真はpublicでも良いかな…と思っている。 出雲大社で結婚式を挙げるとこんな感じになりますということで。

まだアップロード作業を始めて3日も経っていないのだが、早速activityが出始めた。

Untitled
1 favorite
喫茶マウンテンは流石。

これまで写真は全てiPhoneに同期させていたが、これからは12ヶ月以内のイベント程度で良いかな。 とりあえずの問題点は、アップロードに結構時間がかかること。
ちょこちょこ上げているが、いつ全部上げ終わるかな…

Thursday, April 14, 2011

NAMDの並列化

4 node x 12 core の計算サーバがあるのだが、namdで4 x 12 = 48並列しようとするとどうしてもエラーがでる。
poll: protocol failure in circuit setup
1 x 12でも出る。
しかも、
node programs all started
とうまくいっているように見せたすぐ直後に。
4 x 10までは平気。
こんなときは++verboseもあんまり役に立たない。

エラーメッセージをぐぐってみると、rshの通信数に制限がありそう。

最終的に
/etc/xinet.conf

# Define access restriction defaults
per_source = 10
に行き着いた。
per_sourceを12に変えて
/etc/init.d/xinetd restart
すると、通るようになりました。
それぞれのノードで書き換えが必要なのでちょっと面倒。

Thursday, February 18, 2010

VMD & NAMDEnergy 覚書き

NAMDEnergyの使い方を忘れていたので覚書き

CUIでvmdを扱う場合、psf、pdb、dcdの読み込みはmolで行う。
mol new cytochrome.psf
mol addfile cytochrome_md.dcd

tclで一気に書く場合には、先にスクリプトを読み込まないようにwaitforが必要。
例えばnamdenergyを走らせる場合、
run_namdenergy.tcl
----------
package require namdenergy
set sel1 [atomselect top "segname U"]
set sel2 [atomselect top "segname WT"]
mol new cytochrome.psf
mol addfile cytochrome_md.dcd first 0 last 100000 step 100 waitfor 1000
namdenergy -ofile "namdenergy.txt" -par "par_all22_prot.inp" -par "toppar_all22_prot_heme.str" -extsys "cytochrome_md.xst" -pme -exe "/home/karino/bin/namd/namd2" -elec -vdw -sel $sel1 $sel2
exit
----------

として、
vmd -dispdev text -e run_namdenergy.tcl

Friday, January 29, 2010

XyMTeXで構造式をつくる

ChemDrawの申請をしたものの、どうもSnow LeopardのiWork'09とChemDraw12.0の相性は良くないらしい。
Apple Discussions
そこで、XyMTeXとLaTeXiTで構造式を作ってkeynoteに付けることにする。

texのインストールは以前に書いた気がするので省略。
xymtex406.zipを(いつの間にかバージョンが上がってる)を作者のページからダウンロード。
前はepic.styもインストールしなきゃいけなかった気がするが、mactex2009では不要っぽい。

zipファイルを展開しxymtexディレクトリを、/usr/local/texlive/texmf-local/tex/とかに移動してmktexlsr。
mactexの場合はLibrary/texmf/texとかでも大丈夫らしい。

LaTeXiTのPreferences-->Preamblesに
\usepackage{xymtexps}
を追加しておけばLaTeXiTでもXyMTeXが使える。
\usepackage{xymtex}
でも良いんですが、線が汚くなります。時間がかかってもxymtexpsの方がおすすめ。
\usepackage{chemist,chmst-ps}
は、ギリシャ文字関係でLaTeX Errorが出るので使用せず。

\ethyleneh{1==C;2==C}{1==H;2==H;3==H;4==H}
でエチレン
\bzdrv{1==NO$_2$}
でニトロベンゼンのように書く。
詳しい書式は、xymtex/doc???/の中にあるマニュアル参照。
いずれ、幾つかの構造式を作ってコピペ用に残す予定。