vmd 覚え書き

Graphics --> Representations...
Create Repにて、segname U で.pgnで作ったタンパクを選択。
Drawing Method --> NewCartoon
Coloring Method --> Structure
αヘリックスが紫、βストランドが黄で表示される。
色の変更は、
Graphics --> Colors...
で行う。

gvim で 権限の無いファイルを編集

sudo vimではなくて、保存する前にsudoを使う。
ここ参考。

:w !sudo tee >/dev/null %
>/dev/nullが無い場合は端末にテキストが表示される。

gvimでも使えた。

vmd の selected atoms 覚え書き

index --> psf １つ目、 gro ４つ目 原子の番号
segname --> psf ２つ目 分子種
resid --> psf ３つ目、 gro １つ目 残基の番号
resname --> psf ４つ目、 gro ２つ目 残基名
name --> psf ５つ目、 gro ３つ目 原子名

複数選ぶとき、
resid 1 5
だと残基番号1と5を選択
resid from 1 to 5
だと残基番号1から5を選択

macvim-kaoriya

Windows 7 にgvimのkaoriya版をインストールしてみたら使いやすかったのでOSXでも導入してみた。

macvim-kaoriyaから、macvim-kaoriya-20090511.dmgをダウンロードしてインストール。
設定は.vimrcと.gvimrcをロードする。

これまでterminal上で作業した方が楽だと思ってたけど、GUI版も意外と使いやすいなあ。

/etc/zlogout の clear

/etc/zlogout に clear があって、ログアウトの度にクリアされる。
よく見たら /etc/zprofile も /etc/zshrc も /etc/zlogin も特に使っていないので、読み込まないようにした。

unsetopt global_rcs

Windows 7 覚え書き

Windows Vista -> Unix への接続がよくわからなかったので、テスト用に Windows 7 を Macbook OSX 10.5.7 上の virtualbox にインストールしてみた。
設定は基本的に初期のまま、HDD: 20GB, メモリ 768 MB。

cygwin なしで使えるか試してみた。
ターミナルクライアントはTera Termを採用。
X window は Xming-mesa で接続可能。
Xming だと、openGLのアプリケーション（例えばVMD）が動かなかった。

teraterm-4.6.2.exe
Xming-mesa-6-9-0-31-setup.exe
Xming-fonts-7-4-0-3-setup.exe
をそれぞれインストール。特に変更はしてない。

Xmingを立ち上げる。
外からの通信についてwarningがでるが、許可。
Xmingを立ち上げたままで、Tera Termを起動。
設定 --> ssh転送 --> リモートのアプリケーションをローカルのXサーバに表示するにチェックを入れる。
サーバと接続。
これでX windowが動く。
ファイル --> SSH SCP などから転送も可能。
ローカルにunix環境がないと不思議な気分になります。