Flickrでの写真管理続き

やっとiPhotoの画像と動画が上げ終わった。
イベントごとにちまちま上げていたら約一週間もかかった。長かったな…。

容量は前に使っていたものも含めて4,750枚で8.2GBくらい。 まだ1%にも達していない…。
これはまだまだ写真が撮り足りないということか…
まあ、子供の写真がこれから増えていくのは止められないだろうし

Flickrでの写真管理

最近（5月あたり）になって、Flickrが大幅リニューアルしたらしい。 昔FlickrとPicasa webで悩んでいたとき、200枚までのフォトストリームが気になってPicasa webを使う事にしていた。
しかし、リニューアル後のストレージ容量は1TB。さらに月ごとのアップロード制限なし。すごいね。
さっそくiPhotoの中にある写真共をイベント単位でFlickrにアップロードすることにした。 これで外付けHDDが逝ってしまってもオリジナルサイズの写真は残る。

基本のスタンスとして、あくまでバックアップ目的のため、身内が写っているものはprivate、風景等はpublicとしている。
例外として、結婚式の写真はpublicでも良いかな…と思っている。 出雲大社で結婚式を挙げるとこんな感じになりますということで。

まだアップロード作業を始めて3日も経っていないのだが、早速activityが出始めた。


1 favorite
喫茶マウンテンは流石。

これまで写真は全てiPhoneに同期させていたが、これからは12ヶ月以内のイベント程度で良いかな。 とりあえずの問題点は、アップロードに結構時間がかかること。
ちょこちょこ上げているが、いつ全部上げ終わるかな…

NAMDの並列化

4 node x 12 core の計算サーバがあるのだが、namdで4 x 12 = 48並列しようとするとどうしてもエラーがでる。
poll: protocol failure in circuit setup
1 x 12でも出る。
しかも、
node programs all started
とうまくいっているように見せたすぐ直後に。
4 x 10までは平気。
こんなときは++verboseもあんまり役に立たない。

エラーメッセージをぐぐってみると、rshの通信数に制限がありそう。

最終的に
/etc/xinet.conf
の
# Define access restriction defaults
per_source = 10
に行き着いた。
per_sourceを12に変えて
/etc/init.d/xinetd restart
すると、通るようになりました。
それぞれのノードで書き換えが必要なのでちょっと面倒。

VMD & NAMDEnergy 覚書き

NAMDEnergyの使い方を忘れていたので覚書き

CUIでvmdを扱う場合、psf、pdb、dcdの読み込みはmolで行う。
mol new cytochrome.psf
mol addfile cytochrome_md.dcd

tclで一気に書く場合には、先にスクリプトを読み込まないようにwaitforが必要。
例えばnamdenergyを走らせる場合、
run_namdenergy.tcl
----------
package require namdenergy
set sel1 [atomselect top "segname U"]
set sel2 [atomselect top "segname WT"]
mol new cytochrome.psf
mol addfile cytochrome_md.dcd first 0 last 100000 step 100 waitfor 1000
namdenergy -ofile "namdenergy.txt" -par "par_all22_prot.inp" -par "toppar_all22_prot_heme.str" -extsys "cytochrome_md.xst" -pme -exe "/home/karino/bin/namd/namd2" -elec -vdw -sel $sel1 $sel2
exit
----------

として、
vmd -dispdev text -e run_namdenergy.tcl

XyMTeXで構造式をつくる

ChemDrawの申請をしたものの、どうもSnow LeopardのiWork'09とChemDraw12.0の相性は良くないらしい。
Apple Discussions
そこで、XyMTeXとLaTeXiTで構造式を作ってkeynoteに付けることにする。

texのインストールは以前に書いた気がするので省略。
xymtex406.zipを（いつの間にかバージョンが上がってる）を作者のページからダウンロード。
前はepic.styもインストールしなきゃいけなかった気がするが、mactex2009では不要っぽい。

zipファイルを展開しxymtexディレクトリを、/usr/local/texlive/texmf-local/tex/とかに移動してmktexlsr。
mactexの場合はLibrary/texmf/texとかでも大丈夫らしい。

LaTeXiTのPreferences-->Preamblesに
\usepackage{xymtexps}
を追加しておけばLaTeXiTでもXyMTeXが使える。
\usepackage{xymtex}
でも良いんですが、線が汚くなります。時間がかかってもxymtexpsの方がおすすめ。
\usepackage{chemist,chmst-ps}
は、ギリシャ文字関係でLaTeX Errorが出るので使用せず。

\ethyleneh{1==C;2==C}{1==H;2==H;3==H;4==H}
でエチレン
\bzdrv{1==NO$_2$}
でニトロベンゼンのように書く。
詳しい書式は、xymtex/doc???/の中にあるマニュアル参照。
いずれ、幾つかの構造式を作ってコピペ用に残す予定。

JolicloudのChromeメモ

Jolicloudで使うブラウザをFirefoxからChromeに変更。
とりあえず拡張として
AdThwart
AutoPagerize Chrome
Chromed Bird
Docs PDF/PowerPoint Viewer
FlashBlock
Forecastfox Weather
Google Mail Checker
Google Quick Scroll
Yet Another Drag and Go
等インストール。

標準だと、キャッシュが~/.cache/google-chrome/Cache/に溜まっていくので、これを/dev/shmに移動させる。
このあたり参考
~/.xprofile
に、
export $XDG_CACHE_HOME=/dev/shm/cache
mkdir -p $XDG_CACHE_HOME
を書き込んで保存。
これで、これまで~/.cache以下に溜まっていたアプリケーションのキャッシュが、/dev/shm/cache以下に溜まるようになる。

Jolicloud上でのブラウジングがある程度快適になったけど、Chromed BirdやForecastfoxがEee PC 701の画面だと見切れてしまうのはどうしようかな…

pdfjamのインストール

Snow LeopardのMacportsでは、どうもgcjのインストールでこけてpdftkがインストールできない。
なので、pdfjamを使ってみた。
Macportsでもよかったんだけど、texの環境が入っちゃうので普通にpdfjamのページからダウンロードして使うことに。
シェルスクリプトなのでconfigureとかする必要なく、pdflatexがインストール済みなら、pdfnup、pdfjoin、pdf90をどこか/usr/local/bin/などに置くだけ。
標準のままだと、nup=2x1なので、pdfnupの32行目あたりを
nup=1x1
と書き換え。
pdfnup in.pdf --pages 1-2,4 --outfile out.pdf
でpdfを抜き出し。
pdfjoin in1.pdf in2.pdf --outfile out.pdf
でpdfを結合
pdf90 in.pdf --outfile out.pdf
で左に90度回転する。
せっかくなので180度、270度回転もするように書き換え。
pdf90の36行目tidy=trueあたりに
ang=90
を追加
110行--tidy) tidy="2${2}"の上に
--angle) ang="${2}"
shift;;
を追加
197行
\includepdf[pages=-,fitpaper=true,angle=]{pdfname}
と書き換え
200行
) | sed 's/^[^b]egin/\\begin/'\
| sed s/angle=/angle="$ang"/ > $texFile
と書き換え。
pdf90 in.pdf --angle 270 --outfile out.pdf
で右に90度回転するようになる。

vim-latexメモ

TeXShopをしばらく使っていたけど、やはりvimの方がしっくりくる。
ただ、今まではscreenで切り替えてコンパイルしてpdf作っててそれも面倒に感じてきたので、とうとうvim-latexを導入してみたメモ

SourceForgeからvim-latex-1.5-20091002-r1074.tar.gzをダウンロードして展開。
中身を.vim/に移す。

.vimrcに、
filetype plugin on
set shellslash
set grepprg=grep\ -nH\ $*
let g:tex_flavor='latex'
let g:Tex_DefaultTargetFormat='pdf'
let g:Tex_CompileRule_pdf='xelatex $*'
let g:Tex_ViewRule_pdf='/usr/bin/open -a /Applications/Preview.app'
を追加。
vimで編集中に保存して\llでxelatexでpdf作成。その後\lvでプレビューで表示。

参考は、ホワット・ア・ワンダフル・ワールドとyanbe.vimあたり

.zshrcの近況

最近、よく作成したばっかりのファイルをrmで闇に葬り去ることが多い。
そのうち致命的なミスをしそうなので最近-iオプションを使用することにした。
ただ、いちいち確認するのもちょっと…という思いがあるため、trashというコマンドを定義して使うことにした。
また、^を押すとディレクトリを一つ移動するようにした。
参考はここ等

最近の追加分のメモ

alias cp='cp -i'
alias mv='mv -i'
alias rm='rm -i'

function trash() {
DATES=`date "+%y%m%d-%H%M%S"`
mkdir ~/.Trash/$DATES
for i in $@; do
if [ -e $i ]; then
mv $i ~/.Trash/$DATES/
else
echo "trash: $i: no input file"
fi
done
}

function cdup() {
echo
cd ..
zle reset-prompt
}
zle -N cdup
bindkey '\^' cdup

bindkeyの中身の^は、ctrl-v ^とうつ。

プリンタまわりの改善

Snow LeopardにアップグレードしたときにCanon LBP5400が動かなくなってしまった。
ドライバをインストールしてもなんか登録できなくなったりして。
幸い、RICOHの複合プリンタは問題なく動いたのでしばらく放置していたが、今になって動かし方がわかったのでメモ。

キヤノンのダウンロードページからCanon LIPS LX Printer Driver & Utilities for Macintosh Version 2.00をダウンロードし、インストール。
環境設定、プリンタの追加より、プロトコルをLPDに設定し、アドレスをうつ。
ドライバを探すと、Canon LBP5400 LIPSLX (JP)があるので選択。

マニュアルにちゃんと書いてありました。もっと早く取り掛かっとけば良かった。

XeLaTeXを使う

MacbookにSnow Leopardをインストールした。
MacPortsを整理するついでに、TeXの環境を MacPortsのpTeX から MacTeXのXeTeX に移行することにした。

MacTeXのページよりMacTeX-2008をダウンロードし、インストール。
/usr/local/texlive/以下にtexの環境がいろいろインストールされる。
そのほか、/usr/local/bin/以下にgsとか幾つかの実行ファイルがインストールされる。
とりあえず/usr/texbin/にPATHを通しておけば、/usr/local/texlive/2008/bin/universal-darwin/に繋がってxelatexコマンドが実行できる。

その他に、/Application/TeX/以下にBibDesk、Excalibur、LaTeXiT、TeX Live Utility、TeXShopがインストールされる。
そのうち幾つかは古いのでアップデートする必要あり。

欧文については特に変化なし。（今のところ）
日本語を使う場合には、
・UTF-8で保存
・フォントを指定する
・fontspec、xunicode、xltxtraのパッケージを追加
する必要あり。

XeTeX - WikipediaのExampleみたいな書式になる。
詳しくは、桐木さんのページ参照。

pTeXの時と異なり（platex test.tex; dvipdfmx test.dvi）
xelatex test.tex
にて、dviを経ずにpdfファイルを作成することができる。

ついでにJolicloud on EeePC 701にもインストールしてみた。
Debian系なら、apt-get install texlive texlive-latex-extra texlive-xetex で使えるようになる。

Jolicloud + twitter + pbtweet

結局がんばってJolicloudのtwitterにpbtweetを入れてみることにした。
まずは、prismでgreasemonkeyを動かす。
参考はこちら。
http://d.hatena.ne.jp/teramako/20080727/p1
リンク先のとおりにgreasemonkey.xpiを作る。
sudo vi /usr/share/prism/apps/twitter@webapp.jolicloud.org/webapp.ini
のように、ルート権限でwebapp.iniを編集。
status=true
とすると、ステータスバーが出てアドオンの読み込みができる。
アドオンを読み込ませたらもとに戻しておく。
ユーザースクリプトは、Firefoxにてあらかじめpbtweetを読み込んでおく。
.mozilla/firefox/xxxx/gm_scripts/の中身を.prism/twitter/xxxx/gm_scripts/
に移す。
.prism/twitter/xxxx/prefs.js に
user_pref("font.size.variable.x-western", 14);
を追加して小さめのフォントにすると全体が見やすい。

Jolicloudインストールメモ

先週のMacbook HDD入れ替えに続き、今週はEee PC 701（英語版のやつ）にJolicloudをインストールしてみたメモ。
アルファ版しかなくinvitation codeが必要なので、Jolicloudのホームページからget an invitation。
4日くらいたってメールが送られてきたので、ユーザー名とか登録。
ダウンロードページに繋がるので、isoファイルをダウンロード。
インストールはFollow the instructions参照。
Jolicloud USB Creator for Macをダウンロードしてマウント、RunMeを実行。
Select the Jolicloud ISOにダウンロードしたisoファイルを指定。
Target Deviceに指したUSBフラッシュメモリを指定。
今回使ったフラッシュメモリはA-DATA my flash PD8の1GBのやつ。ブート可能で容量600MB以上あればOK。

ここまでインストールの準備。ここからEee PCへのインストール。

もともとUbuntuがインストールしてあったので、フラッシュメモリから起動するように起動の最中にEsc連打。
日本語がサポートされているか不安だったのでEnglishのままインストール作業。
作業自体はUbuntuまんま。
今のバージョンはJolicloud Robby Alpha 2cなんだけど、元になってるのはUbuntu 9.04 jaunty。
起動した画面はUbuntu Netbook Remixみたい。（使ったことないけど）
wifiもカメラも動作OK。
アプリケーションはMy Jolicloudでインストールしてほしいようだ。
FavouritesかInternetにあるの雲形のやつをダブルクリックすると、Jolicloudのホームページに繋がる。
そこで、isoファイルダウンロード時に登録したユーザー名とパスワードを入力。
使っているPCの種類とマシン名を登録する。
Applicationsをざっと見渡してみて、FacebookとPidginは使うことがないのでRemove。
Skype、Twitter、Gmail、OpenOffice Writerをとりあえずインストールしてみる。
Dashboard --> Updatesでcheck for new updatesをみてみると、いっぱいあったので全部インストール。
このまま使ってみたところ、日本語の表示はフォントが汚いけど可能。
TwitterとかGmailとかのwebアプリケーションはprismを使っているようだ。

とりあえずやったこと。
1. 日本語化する必要はないけど、日本語が打てるようにはしたい
AdministrationのLanguage Supportを起動。
指示のとおり英語のサポートファイルをインストール。
Install/Remove Languagesにて、English以外のチェックを外しJapaneseを選択。
Use input method engines...にチェックして再起動すると、Ctrl+Spaceでscim+anthy起動。
ttf-vlgothicとかttf-sazanamiとかのフォントが入るので日本語がきれいに表示できる。
2. Caps --> Ctrl
PreferencesからKeyboardを選択。
Layouts --> Layout Options --> Ctrl key position --> Make CapsLock an additional Ctrlをチェックし、CapsをCtrlに変更。
3. コマンドラインでの作業
AccessoriesからTerminalを起動。
sudo apt-get update、sudo apt-get upgradeで残りのアップデートをインストール。
ついでにvim、zshをインストール。
chshでシェルをzshに変更。
4. Dropbox
DropboxはMy Jolicloudからインストール。
Dropboxの保存先はSDカード/media/SD/Dropbox/にしておく。
これで容量の心配はない。
5. Firefoxのaddonとかpluginとか設定
いまのところClassic Compactとtab mix plusはインストール。
Adobe Readerは悩んだ末、入れることにした。
Adobeのページから9.1.2のdebファイルをダウンロードして、sudo dpkg -iでインストール。
Firefox用のプラグインは自動で入る。
フォントはVLPGothic、エンコードはShift JISを選択。
6. prismのフォント変更
.mozilla/firefox/xxxx/prefs.jsの該当箇所
user_pref("font.name.sans-serif.x-western", "VL PGothic");
user_pref("font.name.serif.x-western", "VL PGothic");
などを.prism/gmail/xxxx/prefs.jsに追加

課題その他
Firefoxを3.5にしたいが、これはUbuntu 9.10を待った方が良いんだろうな。
Gimpとか画像編集は…よくよく考えたらあまり使うこともないからいいか。
twitterクライアントが欲しい。もしくはprismにpbtweetの読み込みさせる。と思ったけど、iPhoneもあるし通常のページでいいや。
いまのところこんなところか。

とりあえずの結論は、ネットブックとして使うなら問題ないレベルだと思います。
普通にUbuntu Netbook Remix使えばいいかもしれないけど。

Macbookのアップグレード

先週、Macbook White Late 2008のハードディスクをWESTERN DIGITAL 2.5インチ内蔵HDD Serial-ATA 5400rpm 320GB 8MB WD3200BEVTに入れ替えた。
これで、
メモリ：2GB --> 4GB
HDD：120GB --> 320 GB
にアップグレードしたことになる。
バックアップもTimemachineで簡単にできたし、ドライブにゆとりもできて満足。

RMSD 覚え書き

vmdを開き、File --> New Molecule ... よりpsf, dcdを読ませる。
Extensions --> Tk Console
にて、
set output [open rmsd.dat w]
set numf [molinfo top get numframes]
set ref [atomselect top "protein and noh" frame 0]
set sel [atomselect top "protein and noh"]
for { set i 1 } { $i < $numf } { incr i } {
$sel frame $i
$sel move [measure fit $sel $ref]
puts $output "[measure rmsd $sel $ref]"
}
close $output
でrmsd.datができる。

BlogPress

BlogPress に変更しました。
ラベルは付くのかな？

ちゃんと付くみたいね。

BlogWriterが使えそう

iPhone/iPod touch 用のBlogWriter Liteをつかってみた。
大丈夫かな？

ラベルがつかない？

Dropbox

ここ一ヶ月くらいDropboxを使っているけど便利すぎる。
Leopard on Macbook と Ubuntu on Eee PC にインストールしているが、これでMacを家に持って帰らなくて済む。

簡易アップローダとしても使える。
webサーバとかに使ったら更新が楽だなあと思ったり。

ssh/config覚え書き

普段サーバ上でscreenしているので気づかなかったけど、sshで繋いだ時にタイムアウトしないように信号を送る設定。
ServerAliveInterval 120
みたいにすると二分に一回信号を送るので切れない。

vmd 覚え書き

Graphics --> Representations...
Create Repにて、segname U で.pgnで作ったタンパクを選択。
Drawing Method --> NewCartoon
Coloring Method --> Structure
αヘリックスが紫、βストランドが黄で表示される。
色の変更は、
Graphics --> Colors...
で行う。