pdfjamのインストール

Snow LeopardのMacportsでは、どうもgcjのインストールでこけてpdftkがインストールできない。
なので、pdfjamを使ってみた。
Macportsでもよかったんだけど、texの環境が入っちゃうので普通にpdfjamのページからダウンロードして使うことに。
シェルスクリプトなのでconfigureとかする必要なく、pdflatexがインストール済みなら、pdfnup、pdfjoin、pdf90をどこか/usr/local/bin/などに置くだけ。
標準のままだと、nup=2x1なので、pdfnupの32行目あたりを
nup=1x1
と書き換え。
pdfnup in.pdf --pages 1-2,4 --outfile out.pdf
でpdfを抜き出し。
pdfjoin in1.pdf in2.pdf --outfile out.pdf
でpdfを結合
pdf90 in.pdf --outfile out.pdf
で左に90度回転する。
せっかくなので180度、270度回転もするように書き換え。
pdf90の36行目tidy=trueあたりに
ang=90
を追加
110行--tidy) tidy="2${2}"の上に
--angle) ang="${2}"
shift;;
を追加
197行
\includepdf[pages=-,fitpaper=true,angle=]{pdfname}
と書き換え
200行
) | sed 's/^[^b]egin/\\begin/'\
| sed s/angle=/angle="$ang"/ > $texFile
と書き換え。
pdf90 in.pdf --angle 270 --outfile out.pdf
で右に90度回転するようになる。

.zshrcの近況

最近、よく作成したばっかりのファイルをrmで闇に葬り去ることが多い。
そのうち致命的なミスをしそうなので最近-iオプションを使用することにした。
ただ、いちいち確認するのもちょっと…という思いがあるため、trashというコマンドを定義して使うことにした。
また、^を押すとディレクトリを一つ移動するようにした。
参考はここ等

最近の追加分のメモ

alias cp='cp -i'
alias mv='mv -i'
alias rm='rm -i'

function trash() {
DATES=`date "+%y%m%d-%H%M%S"`
mkdir ~/.Trash/$DATES
for i in $@; do
if [ -e $i ]; then
mv $i ~/.Trash/$DATES/
else
echo "trash: $i: no input file"
fi
done
}

function cdup() {
echo
cd ..
zle reset-prompt
}
zle -N cdup
bindkey '\^' cdup

bindkeyの中身の^は、ctrl-v ^とうつ。

ssh/config覚え書き

普段サーバ上でscreenしているので気づかなかったけど、sshで繋いだ時にタイムアウトしないように信号を送る設定。
ServerAliveInterval 120
みたいにすると二分に一回信号を送るので切れない。

/etc/zlogout の clear

/etc/zlogout に clear があって、ログアウトの度にクリアされる。
よく見たら /etc/zprofile も /etc/zshrc も /etc/zlogin も特に使っていないので、読み込まないようにした。

unsetopt global_rcs

.ssh/config

ssh aaa.bbb.kyushu-u.ac.jp
とか打つのが面倒。といってもresolv.confとか検索ドメインをいじりたくない。
そんなときは
.ssh/configに
Host aaa
HostName aaa.bbb.kyushu-u.ac.jp
で
ssh aaa
で繋がるようになる。

NISの設定

ぜんぜんパラレルで計算できない。
それどころかsshで他のノードに移動すらできない。

と思ってたら単に登録していなかっただけでした。
rootにて、
cd /var/yp
make
大分時間をかけてしまった…

vimインストール（保存用）

新しく来たcent osのマシンはvim 6.3だったので、vim 7を入れるメモ。

手順はいつも通り。

wget ftp://ftp.vim.org/pub/vim/unix/vim-7.2.tar.bz2

wget ftp://ftp.vim.org/pub/vim/extra/vim-7.2-extra.tar.gz

wget ftp://ftp.vim.org/pub/vim/extra/vim-7.2-lang.tar.gz

で本体をダウンロード。

tar xvjf vim-7.2.tar.bz2

tar xvzf vim-7.2-extra.tar.gz

tar xvzf vim-7.2-lang.tar.gz

で解凍。

つぎにパッチをダウンロード

mkdir patches

cd patches/

wget ftp://ftp.vim.org/pub/vim/patches/7.2/7.2.{001..93}

パッチを当てる。

cd ../vim72/

cat ../patches2/7.2.* | patch -p0

configureしてmakeしてmake install

./configure --enable-multibyte --enable-xim --enable-fontset --with-features=big --prefix=/opt/vim

make

sudo make install

PATHを/opt/vim/binに通す。

zlogout

新しく入った計算サーバでlogout時にclearが有効になっている。

zshを使っているので.bash_logoutは関係ないし、.logoutは存在しない。

原因を探ると、/etc/zlogoutにclearが書いてあった。

zshのときは.zlogoutを読むのね

Fortranファイル整形

Fortran（特に77）のソースを読んでいると、よく73-80に行番号が書いてあって、ファイルが全て大文字で書かれてあることが多い。
個人的にソースは基本的に小文字で書く、行番号はvimのルーラーで充分なので一括変換してみる。
大文字から小文字
tr A-Z a-z
73文字以降を削除
cut -c 1-72
行末のスペースを削除
sed -e 's/ *$//'
を組み合わせて、
tr A-Z a-z < old.f|cut -c 1-72|sed -e 's/ *$//' > new.f
としてみた。

Appendixの設定

texにて、普通の\appendixを使わず、
Appendix
A.1 foo
A.2 bar
と表示させる方法。（book環境）
\chapter*{Appendix} %chapter 7 Appendixのように表示させない
\renewcommand{\thechapter}{A} %章番号をAに設定
\addcontentsline{toc}{chapter}{Appendix} %tocには表示
\setcounter{equation}{0} %式番号をリセット
\setcounter{figure}{0} %図番号をリセット
\section{foo}
\section{baa}

pymolマニュアル

pymolについて
select xe, name xe
でキセノン原子を選択する等は知ってるけど、使いこなすほどではないのでマニュアル。
PyMOL Users Manual

apache2の設定でつまづいたところ

とあるホームページのサーバをdebian sarge（変えるのが面倒なため）で運用している。
/var/www以下にディレクトリを配置し、それぞれのディレクトリで.htaccessを有効にしたいのだが、うまくいかなかった。
といっても、DirectoryIndexの設定なので、
/etc/apache2/apache2.confに直接書き込めば問題無かった。

とりあえず移転するまでは、
<Directory>
Options All
AllowOverride All
Order allow,deny
Allow from all
&t;/Directory>

AccessFileName .htaccess
<Files ~ "^\.ht">
Order allow,deny
Deny from all
</Files>
を/etc/apache2/apache2.confに書き込むことで乗り切ることに。
あとは移転先で新しいサーバに変えてちゃんと設定してみよう。

Macでtex用の図（epsファイル）づくり

スクリーンショット+pdttopsが楽だと思う。
command+shift+4でポインタの形が変わるので、ドラッグして領域を選択。
デスクトップ上にピクチャ 1.pdfが保存されるので、ファイル名を変える。
pdftops -eps ファイル名.pdf
で、epsファイルができる。
pdftopsは多分texをインストールする時に一緒に入るはず。

図表番号の表式や、数式番号のカウントを変更

texのbook環境にて
articleなら、chapterをsectionに替えたりする。

1. Figure 1.2をFigure 1-2に変更する。
プリアンブルに
\renewcommand{\thefigure}{\arabic{chapter}-\arabic{figure}}
を書き込む。

2. (1)を(1.1)に変更する。
プリアンブルに
\makeatletter
\renewcommand{\theequation}{\thechapter.\arabic{equation}}
\@addtoreset{equation}{chapter}
\makeatother
を書き込む。

texでpdfのしおり機能？を入れる

platex+dvipdfmxでpdfを作るとき、プリアンブルに
\usepackage[dvipdfm,bookmarks=true,bookmarkstype=toc]{hyperref}
と書くことでpdfビューワーの章立て機能(正式名称がわからない)を有効にできる。

Finkのinkscapeでgnuplotのsvgファイルを読み込む

finkでinkscapeをインストール。
これだけだと、gnuplotの線が表示されない。
まず、
fink install lxml-py26
でlxmlをインストール。
その後、Inkscapeを使うのページを参考に、svgfix.zipをダウンロード。
解凍して、svgfix.inxとsvgfix.pyを~/.inkscape/extentions/に移動。
svgfix.pyの３行目を
sys.path.append('/sw/share/inkscape/extensions/')
に書き換え。
inkscapeでsvgファイルを読み込んだ後、
エフェクト>Fix Gnuplot SVG File...を選択すると、線が表示される。