NAMDの並列化

4 node x 12 core の計算サーバがあるのだが、namdで4 x 12 = 48並列しようとするとどうしてもエラーがでる。
poll: protocol failure in circuit setup
1 x 12でも出る。
しかも、
node programs all started
とうまくいっているように見せたすぐ直後に。
4 x 10までは平気。
こんなときは++verboseもあんまり役に立たない。

エラーメッセージをぐぐってみると、rshの通信数に制限がありそう。

最終的に
/etc/xinet.conf
の
# Define access restriction defaults
per_source = 10
に行き着いた。
per_sourceを12に変えて
/etc/init.d/xinetd restart
すると、通るようになりました。
それぞれのノードで書き換えが必要なのでちょっと面倒。

Jolicloud + twitter + pbtweet

結局がんばってJolicloudのtwitterにpbtweetを入れてみることにした。
まずは、prismでgreasemonkeyを動かす。
参考はこちら。
http://d.hatena.ne.jp/teramako/20080727/p1
リンク先のとおりにgreasemonkey.xpiを作る。
sudo vi /usr/share/prism/apps/twitter@webapp.jolicloud.org/webapp.ini
のように、ルート権限でwebapp.iniを編集。
status=true
とすると、ステータスバーが出てアドオンの読み込みができる。
アドオンを読み込ませたらもとに戻しておく。
ユーザースクリプトは、Firefoxにてあらかじめpbtweetを読み込んでおく。
.mozilla/firefox/xxxx/gm_scripts/の中身を.prism/twitter/xxxx/gm_scripts/
に移す。
.prism/twitter/xxxx/prefs.js に
user_pref("font.size.variable.x-western", 14);
を追加して小さめのフォントにすると全体が見やすい。

Jolicloudインストールメモ

先週のMacbook HDD入れ替えに続き、今週はEee PC 701（英語版のやつ）にJolicloudをインストールしてみたメモ。
アルファ版しかなくinvitation codeが必要なので、Jolicloudのホームページからget an invitation。
4日くらいたってメールが送られてきたので、ユーザー名とか登録。
ダウンロードページに繋がるので、isoファイルをダウンロード。
インストールはFollow the instructions参照。
Jolicloud USB Creator for Macをダウンロードしてマウント、RunMeを実行。
Select the Jolicloud ISOにダウンロードしたisoファイルを指定。
Target Deviceに指したUSBフラッシュメモリを指定。
今回使ったフラッシュメモリはA-DATA my flash PD8の1GBのやつ。ブート可能で容量600MB以上あればOK。

ここまでインストールの準備。ここからEee PCへのインストール。

もともとUbuntuがインストールしてあったので、フラッシュメモリから起動するように起動の最中にEsc連打。
日本語がサポートされているか不安だったのでEnglishのままインストール作業。
作業自体はUbuntuまんま。
今のバージョンはJolicloud Robby Alpha 2cなんだけど、元になってるのはUbuntu 9.04 jaunty。
起動した画面はUbuntu Netbook Remixみたい。（使ったことないけど）
wifiもカメラも動作OK。
アプリケーションはMy Jolicloudでインストールしてほしいようだ。
FavouritesかInternetにあるの雲形のやつをダブルクリックすると、Jolicloudのホームページに繋がる。
そこで、isoファイルダウンロード時に登録したユーザー名とパスワードを入力。
使っているPCの種類とマシン名を登録する。
Applicationsをざっと見渡してみて、FacebookとPidginは使うことがないのでRemove。
Skype、Twitter、Gmail、OpenOffice Writerをとりあえずインストールしてみる。
Dashboard --> Updatesでcheck for new updatesをみてみると、いっぱいあったので全部インストール。
このまま使ってみたところ、日本語の表示はフォントが汚いけど可能。
TwitterとかGmailとかのwebアプリケーションはprismを使っているようだ。

とりあえずやったこと。
1. 日本語化する必要はないけど、日本語が打てるようにはしたい
AdministrationのLanguage Supportを起動。
指示のとおり英語のサポートファイルをインストール。
Install/Remove Languagesにて、English以外のチェックを外しJapaneseを選択。
Use input method engines...にチェックして再起動すると、Ctrl+Spaceでscim+anthy起動。
ttf-vlgothicとかttf-sazanamiとかのフォントが入るので日本語がきれいに表示できる。
2. Caps --> Ctrl
PreferencesからKeyboardを選択。
Layouts --> Layout Options --> Ctrl key position --> Make CapsLock an additional Ctrlをチェックし、CapsをCtrlに変更。
3. コマンドラインでの作業
AccessoriesからTerminalを起動。
sudo apt-get update、sudo apt-get upgradeで残りのアップデートをインストール。
ついでにvim、zshをインストール。
chshでシェルをzshに変更。
4. Dropbox
DropboxはMy Jolicloudからインストール。
Dropboxの保存先はSDカード/media/SD/Dropbox/にしておく。
これで容量の心配はない。
5. Firefoxのaddonとかpluginとか設定
いまのところClassic Compactとtab mix plusはインストール。
Adobe Readerは悩んだ末、入れることにした。
Adobeのページから9.1.2のdebファイルをダウンロードして、sudo dpkg -iでインストール。
Firefox用のプラグインは自動で入る。
フォントはVLPGothic、エンコードはShift JISを選択。
6. prismのフォント変更
.mozilla/firefox/xxxx/prefs.jsの該当箇所
user_pref("font.name.sans-serif.x-western", "VL PGothic");
user_pref("font.name.serif.x-western", "VL PGothic");
などを.prism/gmail/xxxx/prefs.jsに追加

課題その他
Firefoxを3.5にしたいが、これはUbuntu 9.10を待った方が良いんだろうな。
Gimpとか画像編集は…よくよく考えたらあまり使うこともないからいいか。
twitterクライアントが欲しい。もしくはprismにpbtweetの読み込みさせる。と思ったけど、iPhoneもあるし通常のページでいいや。
いまのところこんなところか。

とりあえずの結論は、ネットブックとして使うなら問題ないレベルだと思います。
普通にUbuntu Netbook Remix使えばいいかもしれないけど。

Dropbox

ここ一ヶ月くらいDropboxを使っているけど便利すぎる。
Leopard on Macbook と Ubuntu on Eee PC にインストールしているが、これでMacを家に持って帰らなくて済む。

簡易アップローダとしても使える。
webサーバとかに使ったら更新が楽だなあと思ったり。

Eee PC 701にFirefox 3.1 beta2

ここんとこ、Eee PC 701標準のxandrosの話題を聞かなくなった。
xepcとかeeexubuntuとかに移行したんだろうなあ。

xandrosにFirefox 3をインストールする方法は、まとめたページやForum参照。
http://apt.linex.org/linex/gtk-2.10/libgtk2.0-0_2.10.13-2~bpo.1_i386.deb
をダウンロード。
dpkg-deb -x libgtk2.0-0_2.10.13-2~bpo.1_i386.deb gtk2-10
でgtk2-10以下に展開。
mv gtk2-10 /opt/
で移動。
firefox-3.1b2.tar.bz2をダウンロード。
tar xvjf firefox-3.1b2.tar.bz2
で展開。
vi firefox/firefox
54行目あたりに
export LD_LIBRARY_PATH="/opt/gtk2-10/usr/lib"
を挿入。
mv firefox/ /opt/
で移動。
問題なく動いてます。

xandros-wpa-supplicant

Eee PC 701のxandrosで久しぶりにアップデートをかけた。
そのうちの１つ
xandros-wpa-supplicant 0.5.10.x.1.11-1
…wepで繋がらなくなった。wpaに変えろということか…
何の罠だろう？

暇でもないので、とりあえずダウングレードして対処。
sudo apt-get install xandros-wpa-supplicant=0.5.7.x.3.1-1
/etc/apt/preferencesに次を追加
Package: xandros-wpa-supplicant
Pin: version 0.5.7.*
Pin-Priority: 1001

apache2の設定でつまづいたところ

とあるホームページのサーバをdebian sarge（変えるのが面倒なため）で運用している。
/var/www以下にディレクトリを配置し、それぞれのディレクトリで.htaccessを有効にしたいのだが、うまくいかなかった。
といっても、DirectoryIndexの設定なので、
/etc/apache2/apache2.confに直接書き込めば問題無かった。

とりあえず移転するまでは、
<Directory>
Options All
AllowOverride All
Order allow,deny
Allow from all
&t;/Directory>

AccessFileName .htaccess
<Files ~ "^\.ht">
Order allow,deny
Deny from all
</Files>
を/etc/apache2/apache2.confに書き込むことで乗り切ることに。
あとは移転先で新しいサーバに変えてちゃんと設定してみよう。