RMSD 覚え書き

vmdを開き、File --> New Molecule ... よりpsf, dcdを読ませる。
Extensions --> Tk Console
にて、
set output [open rmsd.dat w]
set numf [molinfo top get numframes]
set ref [atomselect top "protein and noh" frame 0]
set sel [atomselect top "protein and noh"]
for { set i 1 } { $i < $numf } { incr i } {
$sel frame $i
$sel move [measure fit $sel $ref]
puts $output "[measure rmsd $sel $ref]"
}
close $output
でrmsd.datができる。

BlogPress

BlogPress に変更しました。
ラベルは付くのかな？

ちゃんと付くみたいね。

BlogWriterが使えそう

iPhone/iPod touch 用のBlogWriter Liteをつかってみた。
大丈夫かな？

ラベルがつかない？

Dropbox

ここ一ヶ月くらいDropboxを使っているけど便利すぎる。
Leopard on Macbook と Ubuntu on Eee PC にインストールしているが、これでMacを家に持って帰らなくて済む。

簡易アップローダとしても使える。
webサーバとかに使ったら更新が楽だなあと思ったり。

ssh/config覚え書き

普段サーバ上でscreenしているので気づかなかったけど、sshで繋いだ時にタイムアウトしないように信号を送る設定。
ServerAliveInterval 120
みたいにすると二分に一回信号を送るので切れない。