VMD & NAMDEnergy 覚書き

NAMDEnergyの使い方を忘れていたので覚書き

CUIでvmdを扱う場合、psf、pdb、dcdの読み込みはmolで行う。
mol new cytochrome.psf
mol addfile cytochrome_md.dcd

tclで一気に書く場合には、先にスクリプトを読み込まないようにwaitforが必要。
例えばnamdenergyを走らせる場合、
run_namdenergy.tcl
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package require namdenergy
set sel1 [atomselect top "segname U"]
set sel2 [atomselect top "segname WT"]
mol new cytochrome.psf
mol addfile cytochrome_md.dcd first 0 last 100000 step 100 waitfor 1000
namdenergy -ofile "namdenergy.txt" -par "par_all22_prot.inp" -par "toppar_all22_prot_heme.str" -extsys "cytochrome_md.xst" -pme -exe "/home/karino/bin/namd/namd2" -elec -vdw -sel $sel1 $sel2
exit
----------

として、
vmd -dispdev text -e run_namdenergy.tcl

XyMTeXで構造式をつくる

ChemDrawの申請をしたものの、どうもSnow LeopardのiWork'09とChemDraw12.0の相性は良くないらしい。
Apple Discussions
そこで、XyMTeXとLaTeXiTで構造式を作ってkeynoteに付けることにする。

texのインストールは以前に書いた気がするので省略。
xymtex406.zipを（いつの間にかバージョンが上がってる）を作者のページからダウンロード。
前はepic.styもインストールしなきゃいけなかった気がするが、mactex2009では不要っぽい。

zipファイルを展開しxymtexディレクトリを、/usr/local/texlive/texmf-local/tex/とかに移動してmktexlsr。
mactexの場合はLibrary/texmf/texとかでも大丈夫らしい。

LaTeXiTのPreferences-->Preamblesに
\usepackage{xymtexps}
を追加しておけばLaTeXiTでもXyMTeXが使える。
\usepackage{xymtex}
でも良いんですが、線が汚くなります。時間がかかってもxymtexpsの方がおすすめ。
\usepackage{chemist,chmst-ps}
は、ギリシャ文字関係でLaTeX Errorが出るので使用せず。

\ethyleneh{1==C;2==C}{1==H;2==H;3==H;4==H}
でエチレン
\bzdrv{1==NO$_2$}
でニトロベンゼンのように書く。
詳しい書式は、xymtex/doc???/の中にあるマニュアル参照。
いずれ、幾つかの構造式を作ってコピペ用に残す予定。

JolicloudのChromeメモ

Jolicloudで使うブラウザをFirefoxからChromeに変更。
とりあえず拡張として
AdThwart
AutoPagerize Chrome
Chromed Bird
Docs PDF/PowerPoint Viewer
FlashBlock
Forecastfox Weather
Google Mail Checker
Google Quick Scroll
Yet Another Drag and Go
等インストール。

標準だと、キャッシュが~/.cache/google-chrome/Cache/に溜まっていくので、これを/dev/shmに移動させる。
このあたり参考
~/.xprofile
に、
export $XDG_CACHE_HOME=/dev/shm/cache
mkdir -p $XDG_CACHE_HOME
を書き込んで保存。
これで、これまで~/.cache以下に溜まっていたアプリケーションのキャッシュが、/dev/shm/cache以下に溜まるようになる。

Jolicloud上でのブラウジングがある程度快適になったけど、Chromed BirdやForecastfoxがEee PC 701の画面だと見切れてしまうのはどうしようかな…

pdfjamのインストール

Snow LeopardのMacportsでは、どうもgcjのインストールでこけてpdftkがインストールできない。
なので、pdfjamを使ってみた。
Macportsでもよかったんだけど、texの環境が入っちゃうので普通にpdfjamのページからダウンロードして使うことに。
シェルスクリプトなのでconfigureとかする必要なく、pdflatexがインストール済みなら、pdfnup、pdfjoin、pdf90をどこか/usr/local/bin/などに置くだけ。
標準のままだと、nup=2x1なので、pdfnupの32行目あたりを
nup=1x1
と書き換え。
pdfnup in.pdf --pages 1-2,4 --outfile out.pdf
でpdfを抜き出し。
pdfjoin in1.pdf in2.pdf --outfile out.pdf
でpdfを結合
pdf90 in.pdf --outfile out.pdf
で左に90度回転する。
せっかくなので180度、270度回転もするように書き換え。
pdf90の36行目tidy=trueあたりに
ang=90
を追加
110行--tidy) tidy="2${2}"の上に
--angle) ang="${2}"
shift;;
を追加
197行
\includepdf[pages=-,fitpaper=true,angle=]{pdfname}
と書き換え
200行
) | sed 's/^[^b]egin/\\begin/'\
| sed s/angle=/angle="$ang"/ > $texFile
と書き換え。
pdf90 in.pdf --angle 270 --outfile out.pdf
で右に90度回転するようになる。

vim-latexメモ

TeXShopをしばらく使っていたけど、やはりvimの方がしっくりくる。
ただ、今まではscreenで切り替えてコンパイルしてpdf作っててそれも面倒に感じてきたので、とうとうvim-latexを導入してみたメモ

SourceForgeからvim-latex-1.5-20091002-r1074.tar.gzをダウンロードして展開。
中身を.vim/に移す。

.vimrcに、
filetype plugin on
set shellslash
set grepprg=grep\ -nH\ $*
let g:tex_flavor='latex'
let g:Tex_DefaultTargetFormat='pdf'
let g:Tex_CompileRule_pdf='xelatex $*'
let g:Tex_ViewRule_pdf='/usr/bin/open -a /Applications/Preview.app'
を追加。
vimで編集中に保存して\llでxelatexでpdf作成。その後\lvでプレビューで表示。

参考は、ホワット・ア・ワンダフル・ワールドとyanbe.vimあたり