VMD & NAMDEnergy 覚書き

NAMDEnergyの使い方を忘れていたので覚書き

CUIでvmdを扱う場合、psf、pdb、dcdの読み込みはmolで行う。
mol new cytochrome.psf
mol addfile cytochrome_md.dcd

tclで一気に書く場合には、先にスクリプトを読み込まないようにwaitforが必要。
例えばnamdenergyを走らせる場合、
run_namdenergy.tcl
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package require namdenergy
set sel1 [atomselect top "segname U"]
set sel2 [atomselect top "segname WT"]
mol new cytochrome.psf
mol addfile cytochrome_md.dcd first 0 last 100000 step 100 waitfor 1000
namdenergy -ofile "namdenergy.txt" -par "par_all22_prot.inp" -par "toppar_all22_prot_heme.str" -extsys "cytochrome_md.xst" -pme -exe "/home/karino/bin/namd/namd2" -elec -vdw -sel $sel1 $sel2
exit
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として、
vmd -dispdev text -e run_namdenergy.tcl

XyMTeXで構造式をつくる

ChemDrawの申請をしたものの、どうもSnow LeopardのiWork'09とChemDraw12.0の相性は良くないらしい。
Apple Discussions
そこで、XyMTeXとLaTeXiTで構造式を作ってkeynoteに付けることにする。

texのインストールは以前に書いた気がするので省略。
xymtex406.zipを（いつの間にかバージョンが上がってる）を作者のページからダウンロード。
前はepic.styもインストールしなきゃいけなかった気がするが、mactex2009では不要っぽい。

zipファイルを展開しxymtexディレクトリを、/usr/local/texlive/texmf-local/tex/とかに移動してmktexlsr。
mactexの場合はLibrary/texmf/texとかでも大丈夫らしい。

LaTeXiTのPreferences-->Preamblesに
\usepackage{xymtexps}
を追加しておけばLaTeXiTでもXyMTeXが使える。
\usepackage{xymtex}
でも良いんですが、線が汚くなります。時間がかかってもxymtexpsの方がおすすめ。
\usepackage{chemist,chmst-ps}
は、ギリシャ文字関係でLaTeX Errorが出るので使用せず。

\ethyleneh{1==C;2==C}{1==H;2==H;3==H;4==H}
でエチレン
\bzdrv{1==NO$_2$}
でニトロベンゼンのように書く。
詳しい書式は、xymtex/doc???/の中にあるマニュアル参照。
いずれ、幾つかの構造式を作ってコピペ用に残す予定。