VMD & NAMDEnergy 覚書き

NAMDEnergyの使い方を忘れていたので覚書き

CUIでvmdを扱う場合、psf、pdb、dcdの読み込みはmolで行う。
mol new cytochrome.psf
mol addfile cytochrome_md.dcd

tclで一気に書く場合には、先にスクリプトを読み込まないようにwaitforが必要。
例えばnamdenergyを走らせる場合、
run_namdenergy.tcl
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package require namdenergy
set sel1 [atomselect top "segname U"]
set sel2 [atomselect top "segname WT"]
mol new cytochrome.psf
mol addfile cytochrome_md.dcd first 0 last 100000 step 100 waitfor 1000
namdenergy -ofile "namdenergy.txt" -par "par_all22_prot.inp" -par "toppar_all22_prot_heme.str" -extsys "cytochrome_md.xst" -pme -exe "/home/karino/bin/namd/namd2" -elec -vdw -sel $sel1 $sel2
exit
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として、
vmd -dispdev text -e run_namdenergy.tcl